La Lonja de Ferrol está certificada por el sello pescadeRías para la primera venta de peces, crustáceos, cefalópodos, bivalvos, antozoos y equinodermos. En el mismo edificio, la Cofradía tiene una pequeña depuradora de bivalvos y centro de expedición de equinodermos, también certificados, y una pescadería llamada A Túa lonxa, adherida al sello. Una especie característica que se comercializa en sus instalaciones es la zamburiña, en campaña hasta el mes de octubre. Casi la totalidad de las capturas de esta especie en Galicia proceden de la Ría de Ferrol.